การปลูกฝี (อังกฤษ: inoculation) เป็นวิธีการอย่างหนึ่งที่ใช้ในการสร้างภูมิคุ้มกันต่อโรคติดเชื้อ โดยบางครั้งอาจมีการใช้คำว่า inoculation ในความหมายเดียวกันกับ vaccination (การให้วัคซีน) และ immunization (การเสริมภูมิคุ้มกัน) อยู่บ้าง อย่างไรก็ดีแต่ละคำมีความหมายในรายละเอียดแตกต่างกันในบางประเด็น โดย inoculation มักมีขั้นตอนของการจงใจทำให้เกิดโรคขึ้นในคนหรือสัตว์
ต้นกำเนิด
แต่ตั้งเดิมแล้ว การปลูกฝีมีที่มาจากการป้องกันโรคฝีดาษ โดยการนำส่วนประกอบของหนองจากฝีของผู้ป่วยโรคฝีดาษมาฝังในผิวหนังของผู้รับการปลูกฝี ทั้งนี้ในยุคนั้น การติดต่อของโรคฝีดาษมักเกิดจากการติดเชื้อผ่านการสูดเอาละอองที่มีเชื้อเข้าไป ทำให้เกิดการติดเชื้อที่เยื่อเมือกของปาก จมูก หรือระบบหายใจ ก่อนที่จะแพร่กระจายไปทั่วร่างกาย ทำให้ผู้ป่วยที่ติดเชื้อผ่านช่องทางนี้มีอาการรุนแรง แตกต่างจากการติดเชื้อที่ผิวหนัง ซึ่งผู้ป่วยมักมีอาการไม่รุนแรงเท่า และมักมีการติดเชื้ออยู่เฉพาะที่ผิวหนัง แต่สามารถกระตุ้นให้เกิดภูมิคุ้มกันได้เหมือนกัน ปัจจุบันวิธีปลูกฝีเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันต่อโรคฝีดาษนี้ เป็นที่รู้จักในชื่อว่า variolation (การปลูกฝีดาษ) โดยการปลูกฝีมีบันทึกย้อนหลังไปในประวัติศาสตร์ทั้งในอินเดีย แอฟริกา และจีน