ทางเดินอาหาร (อังกฤษ: gut, alimentary canal หรือ alimentary tract) ในทางสัตววิทยา เป็นท่อซึ่งสัตว์ที่มีสมมาตรด้านข้าง (bilateria) ส่งอาหารไปยังอวัยวะที่ทำหน้าที่ย่อยอาหาร ทางเดินอาหารในสัตว์ที่มีสมมาตรด้านข้างขนาดใหญ่มักมีทางออกด้วย คือ ทวารหนัก ซึ่งเป็นช่องทางที่สัตว์ถ่ายของเสียออกมาเป็นของแข็ง ส่วนสัตว์ที่มีสมมาตรด้านข้างขนาดเล็กมักไม่มีทวารหนักและขับของเสียออกด้วยวิธีการอื่น เช่น ทางปาก
สัตว์ที่มีทางเดินอาหารถูกจัดเข้าเป็นพวกโปรโตสโตม (protostome) หรือดิวเทอโรสโตม (deuterostome) เพราะทางเดินอาหารวิวัฒนาการสองครั้ง เป็นตัวอย่างหนึ่งของวิวัฒนาการเบนเข้า (convergent evolution) การจำแนกดังกล่าวดูจากพัฒนาการของเอ็มบริโอ สัตว์พวกโปรโตสโตมจะวิวัฒนาปากก่อน ขณะที่ดิวเทอโรสโตมจะวิวัฒนาปากเป็นลำดับที่สอง โปรโตสโตม ได้แก่ พวกสัตว์ขาปล้อง (arthropod) สัตว์ในไฟลัมมอลลัสกา (mollusca) และแอนเนลิดา (annelida) ขณะที่พวกดิวเทอโรสโตม ได้แก่ สัตว์ในไฟลัมเอไคโนดอร์มาทา (echinodermata) และคอร์ดาตา (chordata)