นิวคลีโอโปรตีน (อังกฤษ: nucleoprotein) เป็นโปรตีนที่สังยุคอยู่กับกรดนิวคลีอิก (ดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอ) เช่น ไรโบโซม, nucleosome และ nucleocapsid