โคโรนาไวรัสสายพันธุ์กลุ่มอาการของโรคทางเดินหายใจตะวันออกกลาง (อังกฤษ: Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV) หรือ ไวรัสทางเดินหายใจตะวันออกกลาง เป็นไวรัสอาร์เอ็นเอเซนส์บวก สายเดี่ยวสปีชีส์ใหม่ของสกุล Betacoronavirus เป็นสาเหตุของโรคทางเดินหายใจตะวันออกกลาง หรือ โรคเมอร์ส
มีรายงานครั้งแรกในปี 2555 หลังการลำดับจีโนมของไวรัสที่แยกจากตัวอย่างเสมหะของผู้ป่วยที่เจ็บป่วยในการระบาดของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ในปี 2555 ทีแรกเรียกไวรัสดังกล่าวว่า โคโรนาไวรัสสายพันธุ์ใหม่ 2012 หรือเพียง โคโรนาไวรัสสายพันธุ์ใหม่
ในเดือนมิถุนายน 2557 มีรายงานผู้ป่วย MERS-CoV ใน 22 ประเทศ ได้แก่ ซาอุดีอาระเบีย มาเลเซีย จอร์แดน กาตาร์ อียิปต์ สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ คูเวต ตุรกี โอมาน แอลจีเรีย บังกลาเทศ อินโดนีเซีย (ยังไม่มีการยืนยัน) ออสเตรีย สหราชอาณาจักร เกาหลีใต้ และสหรัฐ ผู้ป่วยแทบทุกคนมีความเชื่อมโยงอย่างใดอย่างหนึ่งกับซาอุดีอาระเบีย ในบทความเดียวกันมีรายงานว่า ความผิดพลาดของทางการซาอุดีอาระเบียในการสนองต่อ MERS-CoV เป็นปัจจัยเกื้อหนุนให้เกิดการระบาดของไวรัสนี้
การระบาดครั้งล่าสุดเกิดในประเทศเกาหลีใต้ โดยรายงานเมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2558 ระบุว่ามีรายงานผู้ป่วยที่ยืนยันแล้ว 126 คน เสียชีวิต 13 คน สถานที่กว่า 2,300 แห่ง อยู่ภายใต้การเฝ้าระวัง ถือเป็นการระบาดของเชื้อนี้ครั้งใหญ่ที่สุด หากไม่นับการระบาดภายในซาอุดิอาระเบีย